Saubere und strukturreiche Gewässer sind sehr artenreiche Lebensräume. Die riesige Vielzahl der Wassertiere und –pflanzen ist allerdings nicht für jeden leicht sichtbar. Die kaum zählbare Artenvielfalt beginnt mit mikroskopisch kleinen Organismen wie Bakterien, Algen, Einzellern und mehrzelligen Kleinlebewesen als Basis einer vielgliedrigen Nahrungskette.
Von ihnen leben die formenreichen Niederen Tiere von den Würmern über die (Klein-)Krebse und Insekten bis zu den Weichtieren (Schnecken und Muscheln), die von großer Bedeutung für die Reinhaltung der Gewässer und als Fischnährtiere sind. Auch eine große Zahl von Wirbeltieren hängt von intakten Gewässern ab, seien es Fische, Lurche oder einige Säugetiere. Selbst manche Vögel sind auf Wassertiere als Nahrung angewiesen (z.B. Eisvogel, Wasseramsel oder Gebirgsstelze), und bei Insektenjägern wie z.B. den Schwalben stellen die flugfähigen Altersstadien von Wasserinsekten einen Großteil der Nahrung.
Auch die Typen von Oberflächengewässern sind vielfältig. Sie reichen bei den Stillgewässern von zur zeitweilig Wasser führenden Pfützen, Fahrspuren, Tümpeln und Blänken zu ganzjährig wasserbespannten Teichen und Seen, die im Gütersloher Raum meist künstlich angelegt wurden. Darunter erfreuen sich auch Gartenteiche großer Beliebtheit. Auch die Gütersloher Fließgewässer haben viele Erscheinungsformen, von den nur zeitweilig Wasser führenden Gräben, Bachoberläufen und (seltene) Altarmen über die kleinen und größeren Bachläufe bis zur Ems als einzigem Fluss. Eine geologisch bedingte Gütersloher Besonderheit sind die Sandbäche, deren sehr eigenständige Artenausstattung durch die ständig in Bewegung befindliche Gewässersohle bedingt wird. Die Uferbereiche in den Bachniederungen und Überschwemmungsgebieten (Auen) leiten zu den nassen und feuchten Landlebensräumen über, mit denen die Gewässer in einem engen ökologischen Zusammenhang stehen.
Vor allem zur Entwässerung und als Hochwasserabwehr wurden die Fließgewässer im vergangenen Jahrhundert massiv ausgebaut und haben dabei ihre natürliche Strukturvielfalt und ihre Anbindung an die umgebende Aue weitgehend verloren. Hinzu kam die Einleitung belasteten Abwassers, sei es unzureichend gereinigtes Schmutzwasser oder ungereinigtes Niederschlagswasser aus der Straßen- und Grundstücksentwässerung. Zusammen mit der regelmäßigen Räumung und Unterhaltung der Bäche führten diese Veränderungen zu einer starken Verarmung und Umstellung der ursprünglichen Artenvielfalt der Fließgewässer. Erst der Ausbau der Abwasserreinigung sowie die Renaturierung der Bäche leiteten einen Umschwung ein, der nicht zuletzt der Artenvielfalt zugutekam. Die Anlage von Uferrandstreifen (Gewässerrandstreifen) vermindert den Nährstoffeintrag und erhöht die Biotopqualität des Ufers und wird von der Stadt Gütersloh sowie vom Land NRW gefördert.
Bei den Stillgewässern sind gegenläufige Entwicklungen zu beobachten: Durch Nutzungsaufgabe, Verlandung und Verfüllung von Teichen sowie die Nivellierung der Bodenformen verschwanden einerseits etliche Gewässer. In anderen, intensiv genutzten Angelteichen konnte sich aufgrund des von den Fischen ausgehenden Fraßdrucks und der Bewirtschaftung keine standortgemäße Insekten- und Amphibienfauna entwickeln. Andererseits entstanden in vielen Siedlungsgärten Gartenteiche, die durchaus von Insekten wie Libellen bis hin zu einigen Amphibienarten einen gewissen Artenreichtum beherbergen können, solange sie nicht mit Fischen besetzt werden.
Bei der Wiedererlangung aquatischer Artenvielfalt gibt es mithin viele Akteure, die im Leitprojekt „Lebendige Gewässer“ unabhängig voneinander mitwirken können. Mögliche Maßnahmen, die der Verbesserung der Lebensräume dienen, sind u.a.
Einige erfolgreiche Projektbeispiele (z.T. Förderprojekte der Umweltstiftung Gütersloh) in Gütersloh sind:
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